Henry đã bị giam giữ trong ngục Tháp London, nơi ông qua đời trong đêm ngày 21/22 tháng 5 năm 1471. Khả năng là đối thủ của Henry đã cố giữ cho ông ta còn sống đến thời điểm này và ra tay hạ sát Edward, người con trai của Henry, người vốn là một thủ lĩnh ghê gớm hơn rất nhiều của phe Lancasters. Theo quấn sách sử Historie of the Arrivall of Edward IV, một biên niên sử chính thức thiên về Edward VI, thì Henry qua đời vì u sầu khi nghe tin tức về trận Tewkesbury và cái chết của con trai của ông.[18] Tuy nhiên, sau đó có nhiều nghi ngờ rằng Edward VI-người tái đăng quang vào buổi sáng sau cái chết của Henry VI, trong thực tế đã ra lệnh giết chết ông ta.[19]

Ban đầu vua Henry VI được chôn cất tại Abbey Chertsey, sau đó trong năm 1485 xác của ông được chuyển đến nhà nguyện St George, Lâu đài Windsor.